某一天，黑船从天而降——

围绕着拥有“操纵时间之力”的传说秘宝“时辰仪”在京都展开的“须佐之男事变”，随着面具将军“无限斋”——吉田松阴的死去而落幕。

“我们还有该做的事情”。高杉晋作在故乡的萩町替昔日恩师吉田松阴扫完墓，便与搭档桂小五郎再次回到了京都。高杉竭尽全力要遵守恩师教诲，但在他身边的桂却是一反常态地若有所思……

此时，随着大地发出巨响天空裂开，从「时空裂缝」中出现理应坏掉了的时辰仪。拥有了“意志”的时辰仪，开始陷入失控状态！！

然后身为命中注定的宿敌阻挡在他们面前的，是在上次的战斗中，失去副长土方岁三的新选组！！而从局长近藤勇口中得知，竟然出现了新的“无限斋”——

是回复，还是改变？“一定要让时间回到正确的流向”高杉坚定的决心，与“我一直有件事没法对你说”桂动摇的内心。